在厦门市尚未建设环岛路之前，学校拥有天然的游泳场所，但因建设环岛路需要，原有的游泳场被拆除。为解决海边高校因为缺乏游泳场所未能开设游泳课程的尴尬局面，学校决定在校本部校园内择址建设游泳馆。

校本部游泳馆现正式命名为王清明游泳馆，位于校本部西南角，紧邻大学路和演武路，由厦门大学建筑设计研究院设计，由福建省第五建筑工程公司承建，于2003年开工建设。

游泳馆建筑面积8250平方米，设有标准游泳池和训练池，总投资1842万元，资金主要来源于国家预算内资金和捐款。

游泳馆建成投入使用后已经承办了福建省大学生运动会游泳比赛，同时也为学校的游泳课程教学、师生游泳练习提供了良好的场所。