漳江口湿地生态系统野外科研基地位于福建省漳州市云霄县漳江口红树林国家级自然保护区内，紧邻我国天然分布最北的红树林，2014年获得教育部支持，以2008年8月建立的“厦门大学漳江口红树林湿地定位研究站”为基础开展建设。学院和滨海湿地生态系统教育部重点实验室为建设落实单位，推进具体建设工作。基地大楼于2019年开工建设，占地1.2万平方米，总建筑面积10039.44平方米，包含科研用房、培训教学用房、住宿用房、餐厅食堂等，配套建有停车场、篮球场等设施，集科学、教育、社会服务等多功能于一体。

漳江口基地致力于打造覆盖湿地-河口-港湾生态系统群的野外连续观测体系、开放共享的滨海湿地生态系统科学研究平台、高质量的人才培养基地和公众教育基地，以及富有特色的国际合作基地。2019年8月，漳江口站与东山海洋站联合组建并获批台湾海峡海洋生态系统教育部野外科学观测研究站。2020年12月，台湾海峡海洋生态系统教育部野外科学观测研究站成功入选国家野外台站择优建设名单。